吉林大学研究生院现有国家重点学科16个。在10个学科门的41个一级学科、164个二级学科有博士学位授予权；在11个学科门的60个一级学科、220个二级学科有硕士学位授予权。2003年至2006年招生的博士研究生指导教师共642人。在校博士生3874人，硕士生12869人。
备注：一级学科后面的五角星“★”表示学校有该学科一级学科博士和硕士学位授予权。二级学科后面带有“☆”号的，表示该二级学科是国家重点学科，带有“△”号的，表示该二级学科有博士学位授予权，带有“〇”号的，表示该二级学科有博士学位授予权，但已经至少连续三年没有招收博士生，第九批、第十批博士点截至2006年没有招博士生的，在二级学科后面也带“〇”号。
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